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  A  
  D  
  I  
  O  
SegmentedSequence (hal)   
SegmentIterator (hal)   
Alignment (hal)   DNAIterator (hal)   Sequence::Info (hal)   CLParser::Option (hal)   Sequence (hal)   
CLParser::Argument (hal)   
  E  
  L  
  P  
SequenceIterator (hal)   
  B  
SlicedSegment (hal)   
MappedSegment::EqualTo (hal)   MappedSegment::Less (hal)   PositionCache (hal)   
  T  
BottomSegment (hal)   
  G  
less< hal::MappedSegmentConstPtr > (std)   
  R  
BottomSegmentIterator (hal)   MappedSegment::LessSource (hal)   TopSegment (hal)   
  C  
GappedBottomSegmentIterator (hal)   
  M  
Rearrangement (hal)   TopSegmentIterator (hal)   
GappedSegmentIterator (hal)   
  S  
  U  
CLParser (hal)   GappedTopSegmentIterator (hal)   MappedSegment (hal)   
ColumnIterator (hal)   Genome (hal)   MetaData (hal)   Segment (hal)   Sequence::UpdateInfo (hal)   
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