halapi
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00001 /* 00002 * Copyright (C) 2012 by Glenn Hickey (hickey@soe.ucsc.edu) 00003 * 00004 * Released under the MIT license, see LICENSE.txt 00005 */ 00006 00007 #ifndef _TOPSEGMENT_H 00008 #define _TOPSEGMENT_H 00009 00010 #include "genomeSegment.h" 00011 00012 namespace hal { 00013 00017 class TopSegment: public GenomeSegment 00018 { 00019 public: 00021 segidx_t getParentIndex() const; 00023 bool getReverseComp() const; 00025 segidx_t getRepeatIndex() const; 00026 00027 protected: 00028 segidx_t _parentSegIdx; 00029 bool _parentSegReverse; 00030 segidx_t _repeatSegIdx; 00031 }; 00032 00033 } 00034 #endif