halapi
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00001 /* 00002 * Copyright (C) 2012 by Glenn Hickey (hickey@soe.ucsc.edu) 00003 * 00004 * Released under the MIT license, see LICENSE.txt 00005 */ 00006 00007 #ifndef _GENOMESEGMENT_H 00008 #define _GENOMESEGMENT_H 00009 00010 #include "haltypes.h" 00011 00012 namespace hal { 00013 00019 class GenomeSegment 00020 { 00021 public: 00023 genidx_t getStart() const; 00025 genidx_t getLength() const; 00027 segidx_t getParseIdx() const; 00029 genidx_t getParseOffset() const; 00030 00032 static const segidx_t NullIndex; 00033 00034 protected: 00035 genidx_t _start; 00036 genidx_t _length; 00037 segidx_t _parseIdx; 00038 genidx_t _parseOffset; 00039 }; 00040 00041 } 00042 #endif 00043