halapi
hierarchichalalignmentformatapi
inc/genomeSegment.h
00001 /*
00002  * Copyright (C) 2012 by Glenn Hickey (hickey@soe.ucsc.edu)
00003  *
00004  * Released under the MIT license, see LICENSE.txt
00005  */
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00007 #ifndef _GENOMESEGMENT_H
00008 #define _GENOMESEGMENT_H
00009 
00010 #include "haltypes.h"
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00012 namespace hal {
00013 
00019 class GenomeSegment
00020 {
00021 public:
00023         genidx_t getStart() const;
00025         genidx_t getLength() const;
00027         segidx_t getParseIdx() const;
00029         genidx_t getParseOffset() const;
00030 
00032         static const segidx_t NullIndex;
00033 
00034 protected:
00035         genidx_t _start;
00036         genidx_t _length;
00037         segidx_t _parseIdx;
00038         genidx_t _parseOffset;
00039 };  
00040 
00041 }
00042 #endif
00043 
 All Classes Functions Variables