Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information Results in TSV Format Results in GFF3 Format



FIMO - Motif search tool

FIMO version 5.3.0, (Release date: Wed Nov 25 19:19:29 2020 -0800)

For further information on how to interpret these results please access http://meme-suite.org/doc/fimo-output-format.html.
To get a copy of the FIMO software please access http://meme-suite.org

If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011. [full text]


DATABASE AND MOTIFS

DATABASE memechip_example_output_files/Klf1.fna
Database contains 904 sequences, 452000 residues

MOTIFS memechip_example_output_files/meme_out/meme.xml (DNA)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
WGGGTGTGGYYS 12 TGGGTGTGGCTG
NWGATAAG 8 CAGATAAG
CCWCCCCTCCCCCTC 15 CCACCCCTCCCCCTC

Random model letter frequencies (memechip_example_output_files/background):
A 0.256 C 0.244 G 0.244 T 0.256


SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES

Motif ID Alt ID Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
NWGATAAG MEME-2 chr17 + 12397973 12397980 1.6e-05 0.209 CAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr16 + 32509274 32509281 1.6e-05 0.209 CAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr2 + 34638699 34638706 1.6e-05 0.209 CAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr17 + 36139153 36139160 1.6e-05 0.209 CAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr5 + 37127458 37127465 1.6e-05 0.209 CAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr2 + 37405293 37405300 1.6e-05 0.209 CAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr6 + 38874341 38874348 1.6e-05 0.209 CAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr19 + 55940487 55940494 1.6e-05 0.209 CAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr3 + 60623752 60623759 1.6e-05 0.209 CAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr7 + 71081623 71081630 1.6e-05 0.209 CAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr15 + 73573715 73573722 1.6e-05 0.209 CAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr9 + 75406772 75406779 1.6e-05 0.209 CAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr18 + 78548257 78548264 1.6e-05 0.209 CAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr14 + 79703161 79703168 1.6e-05 0.209 CAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr7 + 111007773 111007780 1.6e-05 0.209 CAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr9 + 114376115 114376122 1.6e-05 0.209 CAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr5 + 140280282 140280289 1.6e-05 0.209 CAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr1 + 173211156 173211163 1.6e-05 0.209 CAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr16 - 12052333 12052340 1.6e-05 0.209 CAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr19 - 24354256 24354263 1.6e-05 0.209 CAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr11 - 32169131 32169138 1.6e-05 0.209 CAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr16 - 32510145 32510152 1.6e-05 0.209 CAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr17 - 37006353 37006360 1.6e-05 0.209 CAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr18 - 62325950 62325957 1.6e-05 0.209 CAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr5 - 64827032 64827039 1.6e-05 0.209 CAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr5 - 65203462 65203469 1.6e-05 0.209 CAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr14 - 71023830 71023837 1.6e-05 0.209 CAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr1 - 77295360 77295367 1.6e-05 0.209 CAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr1 - 92186193 92186200 1.6e-05 0.209 CAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr16 - 92716217 92716224 1.6e-05 0.209 CAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr2 - 93306628 93306635 1.6e-05 0.209 CAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr11 - 94859084 94859091 1.6e-05 0.209 CAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr3 - 101355938 101355945 1.6e-05 0.209 CAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr7 - 104332700 104332707 1.6e-05 0.209 CAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr7 - 110976644 110976651 1.6e-05 0.209 CAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr11 - 121295704 121295711 1.6e-05 0.209 CAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr8 - 122895876 122895883 1.6e-05 0.209 CAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr7 - 128112954 128112961 1.6e-05 0.209 CAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr4 - 129141106 129141113 1.6e-05 0.209 CAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr5 - 139672880 139672887 1.6e-05 0.209 CAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr18 + 32702253 32702260 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr15 + 38999431 38999438 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chrX + 39372753 39372760 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr12 + 41846459 41846466 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr1 + 59011095 59011102 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr13 + 59915839 59915846 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr14 + 61273047 61273054 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr18 + 62326282 62326289 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr3 + 68858867 68858874 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr14 + 69923063 69923070 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr17 + 87913344 87913351 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr13 + 96735287 96735294 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr7 + 103854191 103854198 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr11 + 115368093 115368100 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr8 + 125244430 125244437 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr6 + 135115923 135115930 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr4 + 135734046 135734053 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr7 + 139930479 139930486 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr4 + 154285937 154285944 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr2 + 172173993 172174000 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr2 + 172174041 172174048 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr7 - 19832422 19832429 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr5 - 27985293 27985300 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr7 - 28267080 28267087 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr18 - 32702282 32702289 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr18 - 32716544 32716551 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr5 - 38900914 38900921 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chrX - 39372849 39372856 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr6 - 41654335 41654342 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr7 - 56247765 56247772 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr3 - 60589217 60589224 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr18 - 61379974 61379981 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr18 - 62325909 62325916 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr15 - 66969381 66969388 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr1 - 77295521 77295528 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr2 - 84652226 84652233 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr18 - 85054515 85054522 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr15 - 91082699 91082706 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr11 - 95195401 95195408 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr11 - 96809403 96809410 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr11 - 96809459 96809466 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr5 - 96888684 96888691 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr4 - 111174209 111174216 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr2 - 132521549 132521556 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr5 - 140280334 140280341 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr3 - 144333315 144333322 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr2 - 150491915 150491922 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr1 - 157198902 157198909 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr2 - 180447333 180447340 3.19e-05 0.209 CTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr13 + 3866625 3866632 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr4 + 8631929 8631936 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr16 + 10384461 10384468 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr19 + 10736601 10736608 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr7 + 16685469 16685476 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr9 + 21069619 21069626 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr19 + 24609411 24609418 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr12 + 41693520 41693527 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr11 + 53840218 53840225 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr19 + 56466260 56466267 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr1 + 59011055 59011062 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr14 + 61272959 61272966 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr9 + 70774808 70774815 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr13 + 73580945 73580952 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr8 + 83025438 83025445 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr5 + 89056794 89056801 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr12 + 90222860 90222867 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr11 + 90524586 90524593 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr11 + 97307711 97307718 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr13 + 104819777 104819784 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr5 + 105995024 105995031 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr7 + 106743015 106743022 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr10 + 110604525 110604532 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr4 + 118241533 118241540 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr1 + 134264550 134264557 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr1 + 135847022 135847029 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr3 + 138480134 138480141 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr7 + 139969709 139969716 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr1 + 169314583 169314590 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr4 - 9588294 9588301 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr19 - 17398037 17398044 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr17 - 24340089 24340096 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr2 - 28463355 28463362 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr11 - 31712397 31712404 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr11 - 32145857 32145864 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr16 - 34031798 34031805 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr1 - 36977331 36977338 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr3 - 39901755 39901762 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr10 - 40924918 40924925 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr12 - 41693277 41693284 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr4 - 42890741 42890748 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr9 - 44096715 44096722 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr7 - 53194021 53194028 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr19 - 53260173 53260180 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr10 - 60612429 60612436 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr11 - 69186916 69186923 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr14 - 70506949 70506956 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr13 - 76003446 76003453 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr18 - 80417135 80417142 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr12 - 90222892 90222899 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr8 - 97964244 97964251 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr2 - 103324506 103324513 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr11 - 104890500 104890507 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr8 - 108345052 108345059 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr6 - 117858737 117858744 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr9 - 121335782 121335789 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr3 - 121365903 121365910 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr2 - 121964006 121964013 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr10 - 127624599 127624606 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr4 - 134537974 134537981 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr5 - 137731017 137731024 4.79e-05 0.209 GAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr17 + 5112286 5112293 6.39e-05 0.234 GTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr5 + 33616511 33616518 6.39e-05 0.234 GTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr9 + 40980713 40980720 6.39e-05 0.234 GTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr4 + 46420051 46420058 6.39e-05 0.234 GTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr6 + 57695592 57695599 6.39e-05 0.234 GTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr11 + 68709970 68709977 6.39e-05 0.234 GTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr14 + 71023920 71023927 6.39e-05 0.234 GTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr8 + 83024310 83024317 6.39e-05 0.234 GTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr6 + 86027949 86027956 6.39e-05 0.234 GTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr10 + 93585737 93585744 6.39e-05 0.234 GTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr5 + 97380869 97380876 6.39e-05 0.234 GTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr7 + 106743089 106743096 6.39e-05 0.234 GTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr5 + 129513383 129513390 6.39e-05 0.234 GTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr2 + 130961727 130961734 6.39e-05 0.234 GTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr5 + 144580012 144580019 6.39e-05 0.234 GTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr6 + 146179216 146179223 6.39e-05 0.234 GTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chrX + 146984376 146984383 6.39e-05 0.234 GTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr8 - 3522486 3522493 6.39e-05 0.234 GTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr16 - 8687078 8687085 6.39e-05 0.234 GTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr15 - 36250891 36250898 6.39e-05 0.234 GTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr17 - 43466887 43466894 6.39e-05 0.234 GTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr8 - 87495102 87495109 6.39e-05 0.234 GTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr13 - 94151421 94151428 6.39e-05 0.234 GTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr3 - 100351582 100351589 6.39e-05 0.234 GTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr3 - 104477761 104477768 6.39e-05 0.234 GTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr8 - 122895829 122895836 6.39e-05 0.234 GTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr2 - 130961815 130961822 6.39e-05 0.234 GTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr7 - 134369323 134369330 6.39e-05 0.234 GTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr7 - 139930665 139930672 6.39e-05 0.234 GTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr16 + 34031876 34031883 8.06e-05 0.252 TAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr19 + 42304831 42304838 8.06e-05 0.252 TAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr4 + 44017245 44017252 8.06e-05 0.252 TAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr19 + 44460583 44460590 8.06e-05 0.252 TAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr13 + 59915810 59915817 8.06e-05 0.252 TAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr9 + 65063756 65063763 8.06e-05 0.252 TAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr2 + 72859245 72859252 8.06e-05 0.252 TAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr3 + 79383887 79383894 8.06e-05 0.252 TAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr11 + 101177047 101177054 8.06e-05 0.252 TAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr13 + 104819788 104819795 8.06e-05 0.252 TAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr5 + 107138755 107138762 8.06e-05 0.252 TAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr7 + 111007889 111007896 8.06e-05 0.252 TAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr1 + 122155989 122155996 8.06e-05 0.252 TAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr2 + 132521631 132521638 8.06e-05 0.252 TAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr7 + 148957068 148957075 8.06e-05 0.252 TAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr5 - 17335068 17335075 8.06e-05 0.252 TAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr13 - 23643835 23643842 8.06e-05 0.252 TAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr16 - 30565924 30565931 8.06e-05 0.252 TAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr11 - 32156320 32156327 8.06e-05 0.252 TAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr14 - 32982231 32982238 8.06e-05 0.252 TAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr12 - 33905766 33905773 8.06e-05 0.252 TAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr6 - 38874286 38874293 8.06e-05 0.252 TAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr14 - 55043585 55043592 8.06e-05 0.252 TAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr13 - 73612997 73613004 8.06e-05 0.252 TAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr13 - 94151651 94151658 8.06e-05 0.252 TAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr5 - 115468437 115468444 8.06e-05 0.252 TAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr14 - 119195527 119195534 8.06e-05 0.252 TAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr5 - 143814401 143814408 8.06e-05 0.252 TAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr6 - 145703335 145703342 8.06e-05 0.252 TAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr2 - 167169430 167169437 8.06e-05 0.252 TAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr1 - 196502203 196502210 8.06e-05 0.252 TAGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr13 + 20242161 20242168 9.74e-05 0.279 TTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr6 + 38861073 38861080 9.74e-05 0.279 TTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr11 + 68709963 68709970 9.74e-05 0.279 TTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr11 + 69793514 69793521 9.74e-05 0.279 TTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr8 + 73367527 73367534 9.74e-05 0.279 TTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr11 + 74652387 74652394 9.74e-05 0.279 TTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr3 + 96233088 96233095 9.74e-05 0.279 TTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr7 + 104332849 104332856 9.74e-05 0.279 TTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr8 + 107824075 107824082 9.74e-05 0.279 TTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr11 + 115374936 115374943 9.74e-05 0.279 TTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr4 + 128533140 128533147 9.74e-05 0.279 TTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr5 + 137731157 137731164 9.74e-05 0.279 TTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr2 + 152650723 152650730 9.74e-05 0.279 TTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr8 - 24164673 24164680 9.74e-05 0.279 TTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr8 - 24255037 24255044 9.74e-05 0.279 TTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr9 - 66764141 66764148 9.74e-05 0.279 TTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr12 - 82044573 82044580 9.74e-05 0.279 TTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr9 - 107997473 107997480 9.74e-05 0.279 TTGATAAG
NWGATAAG MEME-2 chr4 - 118241324 118241331 9.74e-05 0.279 TTGATAAG

DEBUGGING INFORMATION

Command line:

fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc memechip_example_output_files/fimo_out_2 --bgfile memechip_example_output_files/background --motif NWGATAAG memechip_example_output_files/meme_out/meme.xml memechip_example_output_files/Klf1.fna

Settings:

output_directory = memechip_example_output_files/fimo_out_2 MEME file name = memechip_example_output_files/meme_out/meme.xml sequence file name = memechip_example_output_files/Klf1.fna
background file name = memechip_example_output_files/background alphabet = DNA max stored scores = 100000
allow clobber = true compute q-values = true parse genomic coord. = true
text only = false scan both strands = true max strand = false
threshold type = p-value output theshold = 0.0001 pseudocount = 0.1
alpha = 1 verbosity = 1

This information can be useful in the event you wish to report a problem with the FIMO software.


Go to top