MAG / MAG-WGS 対応
実装レポート

mainブランチでは project_type は読み込まれていたものの、gnm（complete ゲノム）の判定にのみ使われていました。MAG（Metagenome-Assembled Genome）や MAG-WGS に特有の DDBJ 提出要件（ENV division、MAG キーワード、isolate qualifier、metagenome_source など）はサポートされていませんでした。

本実装では mainブランチとの差分として以下を新規に追加・変更しました。

config_util.py の変更

genome.py の変更

MAG/MAG-WGS では DDBJ の ENV division に提出するため、ann ファイルの COMMON エントリに専用のブロックを出力します。

data_file_division（GenBank/EMBL ファイル内部）も BCT から ENV に切り替わります（genome.py の add_source_information()）。

mainブランチでは isolate はどこにも存在しませんでした。MAG 提出の識別子として strain の代わりに使うため、パイプライン全体に追加しました。

伝播経路

source エントリの source 行

mainブランチでは MetadataField に project_type の概念が一切なく、EX_SOURCE の出力は field.value or field.mss_required の単純な条件でした。本実装では TSV の 2 列拡張と 4 つの新メソッドでこれを置き換えます。

metadata_definition.tsv への追加フィールド

MetadataField に追加したメソッド

def is_required_for(self, project_type: str) -> bool:
    return project_type in self.required_for

def is_excluded_for(self, project_type: str) -> bool:
    return project_type in self.excluded_for

def effective_required(self, project_type: str) -> bool:
    if project_type in self.excluded_for: return False
    if project_type in self.required_for:  return True
    return self.mss_required

def should_render(self, project_type: str) -> bool:
    if project_type in self.excluded_for: return False
    if self.value:                          return True
    return self.effective_required(project_type)

render_ex_source() の変更

get_field_definition() — 新規追加

genome.py から source feature 生成時に TSV 定義を参照するためのモジュールレベルキャッシュ関数。TSV を一度だけ読み込みます。

# module level
_FIELD_DEF_CACHE: "dict | None" = None

def get_field_definition(name: str):
    global _FIELD_DEF_CACHE
    if _FIELD_DEF_CACHE is None:
        _FIELD_DEF_CACHE = {}
        # TSV を一度だけ読み込んでキャッシュ
        ...
    return _FIELD_DEF_CACHE.get(name)

mainブランチでは ff_definition は常に @@[strain]@@ を使っていました。MAG/MAG-WGS では @@[isolate]@@ に切り替わります。

mainブランチでは常に biosample_strain パターンでファイル名を生成していました。MAG では strain を使わないため、isolate を使うよう変更しました。

mainブランチでは boolean フィールドの render() は値が "NO" 以外のとき valueless qualifier を出力する実装でした。environmental_sample=TRUE のときは動作しましたが、値が空（未指定）のときは [] を返すため、MAG のプレースホルダー出力ができませんでした。

テストカテゴリ